Akademi adalah tempat dimana calon-calon ninja memulai latihannya; mereka belum bisa disebut sebagai ninja sebelum mereka lulus akademi. Murid-murid di akademi diberikan materi dan latihan-latihan beladiri ninja tingkat dasar, seperti jurus bunshin no jutsu, kawarimi no jutsu, dll.
Setelah menjalani ujian dan lulus dari akademi, murid-murid akan menerima sebuah ikat kepala dari kain dengan sebuah lapisan metal ditengahnya, dan di atas lapisan metal tersebut tercetak lambang desa. Ikat kepala ini sering juga disebut dengan nama "pelindung kepala".
Genin
Setelah lulus dari akademi, seorang alumnus akan diberi tingkatan genin. Para genin ini masih masuk kedalam bimbingan seorang Jounin. Genin adalah ninja kelas rendah yang hanya menjalankan misi kelas D. Misi-misinya juga terkadang sangat sepele. Seperti menangkap anjing yang kabur, atau bersih-bersih rawa. Biasanya para genin ditempatkan di tim 4 orang, dengan satu jounin pembimbing. Tetapi Naruto pernah diberi misi level C untuk mengawal tazuna, yang malah berubah menjadi misi level A karena adanya ninja pelarian yang menyerang.
Tim yang diisi genin adalah tim yang sudah ditentukan sebelumnya dan sudah dibagi ketika melakukan ujian kelulusan. Kakashi melakukan ujian yang amat sulit. Setelah kiranya cukup mapan, para genin akan direkomendasikan menjadi chuunin di ujian chuunin. Tidak semua genin anak-anak, ada pula yang sudah berusia setengah baya saking payahnya dalam hal ninjutsu, genjutsu dan taijutsu dan tidak pernah lulus ujian Chuunin.
Chuunin
Setelah para genin lolos ujian chuunin, mereka akan diangkat menjadi chuunin oleh hokage. Para chuunin sudah setingkat kapten tim dalam tim 4 orang. Terkadang chuunin juga dipasangkan dengan genin. Para chuunin bisa mengambil misi tingkat B dan C. Misi yang dilakukan para chuunin tidaklah terlalu sulit, tetapi tetap beresiko dan berbahaya dibandingkan genin. Jumlah para Chuunin ini jauh lebih sedikit dibanding genin yang ada di dunia naruto. Tingkat kekuatan antara genin dan chuunin juga lumayan jauh. .
Jounin
Jounin atau ninja elit yang memiliki pangkat yang lumayan tinggi. Para Jounin ini adalah kekuatan utama sebuah desa tersembunyi, setelah ANBU. Para Jounin biasa diberi misi untuk menyerang daerah musuh, pembunuhan, sabotase, dan sebagainya. Misi yang mereka emban mengharuskan mereka untuk berpikir cepat dan tidak boleh sembrono atau nyawa mereka akan melayang. Jonin bisa mengambil misi tingkat A dan tingkat S. Para jounin ini sangatlah kuat dan melawan mereka tanpa persiapan matang adalah tindakan bunuh diri. Para jounin juga ada yang ditugaskan sebagai pembimbing tim genin rookie. Mereka juga bertindak sebagai guru bagi para genin tersebut.
Jounin Spesial
Jounin spesial memiliki tugas khusus seperti mengajar, medis dan sebagainya. Para ninja medis adalah jounin khusus yang tugasnya hanya mencari dan mengobati/memulangkan temannya yang terluka. Tapi tidak semua ninja medis adalah jounin spesial. Seperti Sakura dan Shizune.
ANBU
ANBU adalah pasukan elit pembunuh rahasia yang ditugasi untuk melakukan misi yang super berbahaya. Ketika melakukan misi, mereka tidak memakai nama dan tidak boleh melepas topengnya. Para anbu biasa bertindak sebagai mata-mata, Oinin ( ninja pemburu ), pemusnah mayat, pembunuhan rahasia, inteljen desa, maupun perlindungan terhadap hokage. Mereka juga kebagian tugas menghadapi ninja kelas S yang kebanyakan ninja tidak ingin melawannya. Kakashi masuk tim anbu di umur 16 tahun, sementara itachi mejadi anbu pada umur 13 tahun dan menjadi ketua pada umur 15 tahun. Para anbu bergerak secara misterius dan diam-diam. Para ANBU biasanya terdiri dari para Jounin. Di konoha, ada divisi anbu yang terpisah dan bergerak lebih rahasia lagi yang diberi sebutan ANBU "Roots" . Mereka dididik untuk menjadi mesin perang sempurna dan tanpa perasaan. Sai adalah anggota divisi ini. Mereka tidak punya nama, perasaan, rumah, keluarga, yang mereka punya hanyalah misi; itulah motto dari "roots"
Tingkatan tidak resmi
Nukenin
Nukenin adalah para shinobi yang lari dan mengkhianati desanya. Seorang ninja seumur hidupnya harus tinggal di desa mereka dan keluar hanya untuk menjalankan misi. Para nukenin ini ada yang berkelompok ada pula yang personal. Para nukenin ini kebanyakan adalah kriminal di desa asal mereka. Ada pula nukenin yang masuk ke desa lain dan menjadi anggota desa tersebut.
Oinin
Oinin adalah ninja pengejar yang misinya adalah mengejar dan menghancurkan target. Tidak selamanya mereka harus mengejar kriminal atau nukenin. Ada pula ninja biasa yang ditugasi mengejar sekelompok ninja lain yang melarikan diri dari pertempuran. Seperti tim shikamaru yang ditugasi untuk mengejar sasuke. Atau ketika dia mengejar Hidan dan Kakuzu. contoh dari oinin diantara lain yaitu adalah orochimaru,itachi dll
Kelas S
shinobi kelas S adalah shinobi dengan tingkat kekuatan tertinggi dalam dunia naruto. Mereka sangat kuat dan beberapa diantaranya adalah kage dari desa-desa tersembunyi. Hampir semua ninja lebih memilih menghindar daripada menghadapi ninja kelas S. Banyak dari ninja kelas S adalah ninja pelarian dan kriminal. Para Sannin adalah ninja dalam golongan ini. Semua anggota Akatsuki juga golongan ninja ini.
Sannin
Sannin berarti 3 ninja. Legendary Sanin adalah julukan yang diberikan Hanzou kepada Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru pada saat akhir peperangan antara negeri api dan negeri hujan. Hanzou sangat terkesan dengan kemampuan mereka bertiga karena dapat bertahan dalam perang tersebut. Dan akhirnya ketiga ninja yang dulunya sahabat itu dikenal sebagai Legendary Sannin. Kekuatan mereka yang tersohor dan sekelas Kage membuat kawan maupun lawan hormat pada mereka.
Legendary Sannin telah memilih murid tempat menurunkan kemampuan mereka. Gamma Sennin, Jiraiya telah memilih Naruto sebagai murid terakhir. Dan seperti yang diramalkan tetua kodok bahwa murid terakhirnya itulah yang akan mengakhiri kekacauan di dunia. Sifat mereka pun tak beda jauh. Naruto dan Jiraiya adalah sama-sama pecundang yang kemudian menjadi orang yang sangat disegani. From Zero to Hero
Princess Tsunade memilih Haruno Sakura sebagai muridnya. Dengan kecerdasan dan kesungguh-sungguhannya, Sakura berhasil melalui tahap-tahap pelajaran yang berat dari Tsunade. Dan ia pun mempunyai potensi untuk melampaui kemampuan gurunya itu.
Si jahat Orochimaru mengambil Sasuke sebagai muridnya. Sasuke yang haus akan balas dendam, memilih ikut dengan orochimaru untuk belajar jutsu baru. Dengan kecerdasannya dan tekadnya yang kuat, Sasuke dengan cepat melampaui Orochimaru.
Latar belakang The Legendary Sannin Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru sama dengan Naruto, Sasuke dan Sakura. Mereka adalah sahabat yang kemudian berpisah jalan karena mabisis masing-masing. Mungkin Naruto, Sasuke dan Sakura yang merupakan anggota Tim Seven akan melajutkan nama Legendary Sannin dikemudian hari
Kage
Hokage, Mizukage, Kazekage, Raikage, Tsuchikage adalah ninja tertinggi yang memimpin suatu desa tersembunyi. Biasanya mereka memiliki kemampuan diatas rata-rata dan cukup disegani. Sejauh ini baru Hokage dan Kazekage yang sudah ditunjukkan rupanya. Gelar kage hanya diberikan pada pemimpin 5 desa tersembunyi negara besar ninja saja.
HOKAGE
Bayangan Api kage dari Konohagakure
KAZEKAGE
Bayangan Angin Kage dari sunagakure
MIZUKAGE
Bayangan Air Kage dari kirigakure
RAIKAGE
Bayangan Petir kage dari Kumogakure
TSUCHIKAGE
Bayangan Bumi / Tanah Kage dari Iwagakure
